Le projet HQFISH avait pour but de tester pour la première fois la faisabilité du caging de flets juvéniles, sur un mois, de Rouen au Havre, ce modèle - de par ses capacités d’osmorégulation exceptionnelles - permettant de comparer des secteurs oligohalins, méso et polyhalins. Sur les trois années du projet, des améliorations de la méthodologie d'encagement ont été réalisées ; l’enjeu était d'améliorer le bien-être et de réduire le stress du poisson lié à l’encagement pour ne pas biaiser l'interprétation des réponses biologiques en lien avec la contamination chimique des milieux étudiés. La mise en place d’un collecteur d’invertébrés au sein des cages a ainsi considérablement amélioré la disponibilité trophique et a permis un gain en termes de survie et d’état de santé des poissons en fin d’exposition. Des améliorations sont encore possibles pour limiter au maximum le stress des poissons lié à l’encagement, et pour effectuer un monitoring de l’environnement propre à la cage (fixation de sondes sur la cage pour la mesure de paramètres hydrobiologiques, et de POCIS : échantillonneurs passifs de polluants émergents même à très faibles doses). L’utilisation des méthodologies « omique », et notamment de la protéomique haut débit paraît pertinente pour explorer les réponses sans a priori du poisson encagé, et donc aller vers une identification des stresseurs à l’échelle de l’habitat.